El origen de Cijuela es árabe y aunque no esté probado, el fundador del Reino de Granada, el rey Alhamar, pudo dirigir desde este lugar la recuperación de los sistemas de riego y canales construidos por Al-Haken II en el sigo X y ampliados por Yusuf I en el XI. Su nombre procede de Zujuela, que significa pequeña llanura. En el siglo XV fue residencia de Ceti Haxa, hermana del rey Boabdil. En su término llegó a haber dos altas torres defensivas: la del Bordonat y la de Cijuela, de las que no quedan restos. Su constitución como municipio data del siglo XIX.