Los orígenes de Fonelas se remontan a la Prehistoria, como lo atestiguan los numerosos yacimientos arqueológicos descubiertos, sobre todo del Neolítico, de la Edad del Bronce y de la civilización ibera; todos ellos han sido explotados y han aportado variados y valiosos objetos para su estudio. Durante el Imperio Romano fue posiblemente un centro de cultivo de vides, ya que su topónimo puede aludir a las viñas, y también una villa de relativa importancia. Con los musulmanes estuvo muy castigada, en la última etapa, por los jinetes cristianos que desde Cazorla realizaban incursiones de hostigamiento y rapiña antes de iniciar la conquista definitiva. Cuando cayó finalmente en manos de los ejércitos de los Reyes Católicos fue donada a Álvaro de Bazán y más tarde pasó a formar parte de un Señorío que se concedió a la familia Afán de Ribera. En el siglo XIX alcanzó la jurisdicción de municipio con Ayuntamiento propio.