El asentamiento humano en este lugar bañado por el río Cubillas se remonta a la Prehistoria como demuestran los restos arqueológicos hallados. También fue habitada por los romanos y definitivamente por los árabes. Su nombre procede de una primera nominación como Pont-Binox, el Puente de los Pinos; Pinos de la Puente más tarde y desde 1841 Pinos Puente. Su fundación como municipio se remonta a 1772 y desde 1928, por real decreto de Alfonso XIII, obtuvo el título de ciudad.