La Historia de Lucena se ha escrito sólo parcialmente; por ello, al hacer referencia a la misma siempre se hará con ciertas reservas. Según parece los primeros pobladores de la zona llegaron durante el transcurso del paleolítico superior, según restos obtenidos en la superficie del yacimiento de la Dehesa. En este mismo yacimiento y en las mismas condiciones aparecen también restos del neolítico y de la Edad de Bronce. La supuesta presencia de estos pobladores sólo se ha podido atestiguar gracias a que en el yacimiento aún no se han hecho prospecciones. Lo mismo ocurre con otros yacimientos menos conocidos, como aquellos en los que han aparecido posibles restos romanos en torno a Valbuena y el Cortijo de la Luz. Los orígenes de los primeros pobladores, tal como se ha indicado, corresponde a tiempos lejanos, pero el actual núcleo de población parece que se gestó durante el periodo árabe, aunque probablemente sobre los restos de las villas romanas.
El libro 'Expedientes carcelarios de Lucena del Puerto (Huelva). Prisión Provincial, 1936-1939' (Facediciones, 2008), de Juan José Antequera Luengo y Juan José Luengo Jiménez, da cuenta de cuantos vecinos sufrieron prisión durante la guerra civil española.