Las primeras noticias oficiales que se tienen de esta localidad, que estuvo poblada en tiempos prehístoricos, se remontan al marquesado de Gibraleón, una rama del condado de Niebla, y data de finales del s. XVI. A partir de aquí se tienen pocas noticias de este pueblo; no será hasta 1811, como consecuencia de la Guerra de la Independencia en la que fue destruido el fondo documental del archivo municipal, cuando se tengan noticias sobre San Bartolomé de la Torre. Se desconoce, como consecuencia de estos últimos acontecimientos, el momento exacto en el que la localidad se constituyó como Municipio y Ayuntamiento. Las tierras cultivables del término eran en su mayoría de aprovechamiento comunitario para todos los pueblos del Marquesado de Gibraleón. Ello generaba una desventaja económica para los vecinos de San Bartolomé, quienes se veían sumidos en una relativa pobreza por no poder explotar sus recursos adecuadamente. Esta circunstancia motiva una demanda de distribución de estas tierras entre los diversos pueblos integrantes del antiguo Marquesado. En 1834 el Ayuntamiento remite al Gobierno Civil de Huelva un cuestionario reflejo del estado de la localidad, del cual se desprende un hecho significativo, y es la escasez de matrimonios por aquel entonces, dado que la mayor parte de la población estaba emparentada entre sí y las dispensas papales eran caras y se demoraban en exceso.
El libro 'Expedientes carcelarios de San Bartolomé de la Torre y San Silvestre de Guzmán (Huelva). Prisión Provincial, 1936-1939' (Facediciones, 2008), de Juan José Antequera Luengo y Juan José Luengo Jiménez, da cuenta de cuantos vecinos sufrieron prisión durante la guerra civil española.