Los Villares fue fundado en el siglo XVI, en el marco de la política de repoblación de las Sierras de Jaén, promovido por la Corona tras la finalización de la Reconquista. Esta zona, fronteriza con el reino de Granada, quedó como tierra baldía y despoblada, con su colonización se pretendía la salvaguarda y defensa de los caminos.
En 1508 el Concejo de Jaén expuso a la reina doña Juana que en los términos y Sierras de esa dicha ciudad y dentro de su jurisdicción había disposición para poblar varios lugares, entre los que se cita los Villares de Jige. Por Real Cédula, la reina Doña Juana disponía lo necesario para fundar estas poblaciones. En la misma se hace referencia a la necesidad de proteger estos lugares, así como a sus propiedades para ser habitados, pues tenían huertas y agua abundante, así como molinos de pan.
No era esta la primera vez que el Concejo de Jaén solicitaba repoblar estas tierras, pues según se desprende de la Real Cédula, existían peticiones y requerimientos desde la época de los Reyes Católicos.
La fundación de Los Villares no fue inmediata. Los propios vecinos de la ciudad de Jaén interpusieron una serie de pleitos, con los que la alta burguesía de la ciudad pretendía beneficiarse de los beneficios y exenciones de la nueva fundación. La puesta en marcha tuvo lugar en tiempos de Carlos V, el 16 de mayo de 1538, con el repartimiento de tierras, la zonificación y la traza de la ciudad.
En Los Villares, como en el resto de las fundaciones de la Sierra (Mancha Real, Valdepeñas, Campillo de Arenas), se implantó un urbanismo colonial hipodámico, heredero de los "castros romanos". Un modelo urbanístico que tendría grandes repercusiones, como precedentes inmediatos de las fundaciones llevadas a cabo por la corona española en América Latina.
Las previsiones iniciales para Los Villares en el siglo XVI eran los de una población de 300 vecinos. Los primeros pobladores fueron labradores de la ciudad de Jaén, aunque también vinieron soldados "de a pie" y "de a caballo" de la Guardia del Emperador.
A mediados del siglo XVIII la localidad ya tenía una población de 550 vecinos. Aparte de la explotación agrícola Los Villares alcanzó un desarrollo artesanal, ganadero y como consecuencia comercial. A mediados del XIX Madoz nos da cuenta de su producción en cereales, frutales, vid y aceite, éste último como producto principal, de la cría de ganado, y de su industria, entre la que se contaban varios molinos harineros y de aceite, y dos alfarerías.
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