Benalauría debe su origen a la colonización beréber (primer tercio del siglo VIII después de Cristo). De ella deriva igualmente su nombre, que coincide con el del clan de los Banu l-Hawariya. Perteneció a la Cora de Takurunna y, a partir del siglo XIV, al reino nazarí de Granada. Como en el resto de la tierra del Genal sus hombres supieron sacar el fruto de la tierra y de las aguas, con un uso sabio y respetuoso del medio que continuó incluso tras la conquista cristiana.
Ésta tuvo lugar en 1485, aunque los moros de este pueblo permanecieron bajo la jurisdicción señorial de los Feria, Alcalá y Medinaceli. La villa no fue ajena a las revueltas de principios del siglo XVI, o las del último tercio de ese siglo, tras las que queda prácticamente despoblada. Durante la siguiente centuria se repuebla con efectivos llegados de las campiñas y sierras béticas.
A partir de los siglos XVIII y XIX asistimos a una recuperación demográfica que coincide con un cierto auge económico, gracias al desarrollo del olivar, que propicia la molinería, de la vid y los frutales, así como de los sembradíos de cereal y de los ganados lanar, caprino y de cerda en las laderas de Valle del Guadiaro. Sin embargo, hacia la mitad del siglo XX sobreviene la crisis de la agricultura tradicional, sufriendo el pueblo una dolorosa emigración, el abandono de muchas explotaciones y el fin de la mayoría de los usos que habían constituido el sostén de sus gentes.