Su término municipal posee restos del paso por la zona de romanos y árabes, pero aún no han sido estudiados. De su historia reciente se sabe que, tras la conquista cristiana, Archidona e lznájar venían disputándose los terrenos del actual término de Villanueva de Tapia, rico en bellotas y forraje para el ganado, polémicas que le valieron a esta localidad el sobrenombre de Entredicho, con el que también se la conoce. Los consejeros de la Real Hacienda para acabar con el problema decidieron que el polémico término del El Entredicho pasase a formar parte del Patrimonio Real, lo que ocurrió el 20 de junio de 1602. Pero más adelante, Felipe III, considerando que las nuevas tierras de la Corona no eran demasiado rentables para su patrimonio, decidió venderlas a un miembro del Supremo Consejo de Castilla, llamado Pedro de Tapia. Así, esta población surge en el siglo XVII bajo el mecenazgo de los Condes de Tapia con el nombre que hoy se le conoce.