Las primeras referencias históricas sobre Ainzón se remontan al año 1158, cuando aparece citada entre los limites del obispado de Zaragoza. La primera mención sobre la propiedad de la villa se remonta al año 1360, cuando el conde Lope de Luna legó la villa en testamento a su hijo primogénito. En 1409 continuaba siendo señorío de Maria de Luna, pero en febrero de 1430, Alfonso V de Aragón confisca la villa a su actual propietario, Federico de Luna, y la entrega en agosto de 1431 a Rodrigo Díaz de Mendoza, recibiendo los habitantes, con este motivo, privilegio de franquicia. A la muerte de Díaz de Mendoza, transfirió el señorío a su esposa, Isabel Martínez. En el año 1435 pasa a ser propiedad del Monasterio de Veruela. Durante la Guerra de Sucesión, a comienzos del siglo XVIII, la villa de Ainzón, junto con Borja y Tarazona, fueron leales a la causa del Duque de Anjou, enfrentándose a las fuerzas archiducales, mandadas por el conde de Sastago. Por dicho motivo recibió de Felipe V la Real Cedula de 30 de Abril de 1708, por la que le concedía el titulo de Muy Leal y todo lo que ella annexo y perteneciente, así como la facultad de usar blasón propio. Desde el punto de vista político-administrativo, Ainzón formo parte de la Sobrecullida de Tarazona (S.XV) , Vereda de Tarazona(S.XVII) y Corregimiento del Borja (1711-1833) , contando con ayuntamiento propio desde 1834. Perteneció al partido judicial de Borja , incorporándose en 1965 al partido judicial de Tarazona. Eclesiásticamente pertenece al arciprestazgo de Zaragoza desde 1281. El Ayuntamiento en Pleno en sesión celebrada el día 6-5-2000 adoptó el acuerdo de aprobar sin modificación alguna los informes emitidos sobre el particular por la Cátedra Baron de Valdeolivos, de la Institución Fernendo el Católico de la Excma. Diputación Provincial de Zaragoza y Consejo Asesor de Heráldica y Simbología de Aragón del Gobierno Autónomo de Aragón.