La historia de Malagón se remonta en sus orígenes hasta la época Neolítica (aprox. 4000 A.C.), e incluso existen yacimientos mas antiguos aún correspondientes al Paleolítico superior (aprox. 11000 A.C.) -La Viñuela, en la Aldea del Cristo del Espíritu Santo-. Existen pinturas rupestres en la zona que indican que existían en esa época poblamientos aislados en la zona dedicados a la caza y pesca.
En la época Tartesia (2500 A.C. - 700 A.C.) existía en la zona una colonia llamada Salaría, fundada por Augusto. Este poblado se situaba en la zona que se conoce actualmente como "Plaza de los Moros" y durante mucho tiempo se identificó erróneamente con Malagón. La zona fue ámpliamente poblada en esta época debido a importantes yacimientos de cobre en los montes cercanos.
El hallazgo mas importante de esta época corresponde a un sepulcro de mármol perteneciente a Publio Cornelio de Alarcos, enterrado allí. La zona se vio afectada por las Guerras Púnicas (la segunda en concreto) que enfrentaban a romanos y cartagineses por el dominio del mediterráneo, y así en el año 212 A.C. se produjo en la zona la Batalla de Salaria, que enfrentó a los romanos por un lado y a un gran ejército de cartagineses y tribus hispánicas antaño rivales entre sí pero unidos por las circunstancias. Esta batalla fue uno de los reveses mas duros para el imperio romano en aquella época que prácticamente perdieron el control de la península durante medio siglo a partir de entonces. En esta batalla murió presuntamente Publio Cornelio Escipión, y fue enterrado en el sepulcro mencionado antes..
Durante mucho tiempo debido a estas inscripciones se creyó erróneamente también que Larcurius era el poblado romano primordial relacionado con Malagón, pero se demostró que no era así, a pesar de que perdure una asociación cultural en el pueblo importante con ese nombre.
