Cuando San Juan de Avila volvió a la ciudad y supo que a su convertido lo tenían en un manicomio, fue y logró sacarlo y le aconsejó que ya no hiciera más la penitencia de hacerse el loco para ser martirizado por las gentes. Ahora se dedicará a una verdadera "locura de amor": gastar toda su vida y sus energías en ayudar a los enfermos más miserables por amor a Cristo Jesús, a quien ellos representan.

Juan alquila una casa vieja y allí empieza a recibir a cualquier enfermo, mendigo, loco, anciano, huérfano y desamparado que le pida su ayuda. Durante todo el día atiende a cada uno con el más exquisito cariño, haciendo de enfermero, cocinero, barrendero, mandadero, padre, amigo y hermano de todos. Por la noche se va por la calle pidiendo limosnas para sus pobres.

Pronto se hizo popular en toda Granada el grito de Juan en las noches por las calles. El iba con unos morrales y unas ollas gritando: ¡Haced el bien hermanos, para vuestro bien! Las gentes salían a la puerta de sus casas y le regalaban cuanto les había sobrado de la comida del día. Al volver cerca de medianoche se dedicaba a hacer aseo en el hospital, y a la madrugada se echaba a dormir un rato debajo de una escalera. Un verdadero héroe de la caridad.

El señor obispo, admirado por la gran obra de caridad que Juan estaba haciendo, le añadió dos palabras a su nombre de pila, y empezó a llamarlo "Juan de Dios", y así lo llamó toda la gente en adelante. Luego, como este hombre cambiaba frecuentemente su vestido bueno por los harapos de los pobres que encontraba en las calles, el prelado le dio una túnica negra como uniforme; así se vistió hasta su muerte, y así han vestido sus religiosos por varios siglos.

Un día su hospital se incendió y Juan de Dios entró varias veces por entre las llamas a sacar a los enfermos y aunque pasaba por en medio de enormes llamaradas no sufría quemaduras, y logró salvarles la vida a todos aquellos pobres.

Otro día el río bajaba enormemente crecido y arrastraba muchos troncos y palos. Juan necesitaba abundante leña para el invierno, porque en Granada hace mucho frío y a los ancianos les gustaba calentarse alrededor de la hoguera. Entonces se fue al río a sacar troncos, pero uno de sus compañeros, muy joven, se adentró imprudentemente entre las violentas aguas y se lo llevó la corriente. El santo se lanzó al agua a tratar de salvarle la vida, y como el río bajaba supremamente frío, esto le hizo daño para su enfermedad de artritis y empezó a sufrir espantosos dolores.

Después de tantísimos trabajos, ayunos y trasnochadas por hacer el bien, y resfriados por ayudar a sus enfermos, la salud de Juan de Dios se debilitó totalmente. El hacía todo lo posible porque nadie se diera cuenta de los espantosos dolores que lo atormentaban día y noche, pero al fin ya no fue capaz de simular más. Sobre todo la artritis le tenía sus piernas retorcidas y le causaba dolores indecibles. Entonces una venerable señora de la ciudad obtuvo del señor obispo autorización para llevarlo a su casa y cuidarlo un poco. El santo se fue ante el Santísimo Sacramento del altar y por largo tiempo rezó con todo el fervor antes de despedirse de su amado hospital. Le confió la dirección de su obra a Antonio Martín, un hombre a quien él había convertido y había logrado que se hiciera religioso, y colaborador suyo, junto con otro hombre a quien Antonio odiaba; y después de amigarlos, logró el santo que le ayudaran en su obra en favor de los pobres, como dos buenos amigos.

Al llegar a la casa de la rica señora, exclamó Juan: "Oh, estas comodidades son demasiado lujo para mí que soy tan miserable pecador". Allí trataron de curarlo de su dolorosa enfermedad, pero ya era demasiado tarde.

El 8 de marzo de 1550, sintiendo que le llegaba la muerte, se arrodilló en el suelo y exclamó: "Jesús, Jesús, en tus manos me encomiendo", y quedó muerto, así de rodillas. Había trabajado incansablemente durante diez años dirigiendo su hospital de pobres, con tantos problemas económicos que a veces ni se atrevía a salir a la calle a causa de las muchísimas deudas que tenía; y con tanta humildad, que siendo el más grande santo de la ciudad se creía el más indigno pecador. El que había sido apedreado como loco, fue acompañado al cementerio por el obispo, las autoridades y todo el pueblo, como un santo.

Después de muerto obtuvo de Dios muchos milagros en favor de sus devotos y el Papa lo declaró santo en 1690. Es Patrono de los que trabajan en hospitales y de los que propagan libros religiosos.

Fue beatificado por el papa Urbano VIII el 1 de septiembre de 1630 y canonizado por el papa Alejandro VIII, el 16 de octubre de 1690. Fue nombrado santo patrón de los hospitales y de los enfermos.

A su muerte su obra se extendió por toda España e Italia y hoy día está presente en los cinco continentes.

Los religiosos Hospitalarios de San Juan de Dios son 1.500 y tienen 216 casas en el mundo para el servicio de los enfermos. Los primeros beatos de Colombia pertenecieron a esta santa Comunidad.

Oración a San Juan de Dios:
San Juan de Dios: Alcánzanos de Dios un gran amor hacia los enfermos y los pobres.

Estudiad, estudiad, estudiad: llegaréis a ser mediocres. Amad, amad, amad: seréis grandes.