El nombre de Cistierna procede del latín "cisterna" (cesta, cuenco), bien porque fuera emplazamiento, elegido por los romanos, de un lavadero de minerales, o simplemente por estar recostada en una especie de cesta o cuenco, casi completamente rodeada de montañas, en la falda de Peñacorada.
Celtas, romanos, godos y árabes han ido dejando huellas en su paso por estas tierras hasta el periodo de la Reconquista.
En el siglo XVIII supera los 200 habitantes y, tras la guerra de la Independencia, se convierte ya en cabecera de municipio.
En la última década del siglo XIX se inaugura el ferrocarril Valmaseda-La Robla que con los nuevos ramales, puestos en servicio en los años siguientes, se convierte en importante eje de comucicación de Cistierna con León capital y con las provincias vascas. A partir de ese momento, y gracias a la riqueza generada por la extracción de minerales en el valle de Sabero y otros puntos cercanos, Cistierna inicia una etapa de acelerado crecimiento casi constante, sólo interrumpido por la recesión económica, derivada de la crisis internacional de las años veinte, hasta convertirse en centros de servicios de la comarca y cabecera del partido judicical de su nombre, que comprende el antiguo partido de Riaño y parte del de la Vecilla.
En los últimos años, coincidiendo con el cierre de las minas en el valle de Sabero, Cistierna se sumerje en una crisis económica de la aún no ha salido.
La esperanza actual de la zona se centra, sobretodo, en el Polígono de Vidanes, donde varias industrias van a iniciar sus actividades próximamente.
Cistierna es cruce de caminos en la red de rutas jacobeas. Por aquí pasa el Viejo Camino de Santiago (“Camino de la Montaña”) que ya en el siglo IX conducía los peregrinos desde los puertos del Cantábrico o los pasos del Pirineo hasta Compostela pues nuestras montañas les protegían del “terror sarraceno”. Este camino llegaba a Cistierna desde Puente Almuhey por un doble trazado: uno por La Guzpeña, el otro pasando por el Santuario de la Virgen de la Velilla. Continuaba, tras pasar por el Puente del Mercadillo, hacia la Ercina por Yugueros o por San Pedro de Foncollada donde había un importante monasterio. El fervor por la veneración de las reliquias promovió un ramal secundario que conducía, siguiendo en gran parte la vía romana, hasta Santo Toribio de Liébana, monasterio que custodiaba un resto del Lignum Crucis además de un amplio muestrario de otras reliquias. Es el Camino que se conoce como Ruta Vadiniense. Una vez reconquistadas establemente las tierras de la meseta norte, a finales del siglo XI los reyes de Navarra Sancho el Fuerte y de Castilla y León, Alfonso VI, desviaron la ruta más al sur por su menor dificultad y por razones de utilidad comercial. A partir de aquí comienza la superioridad y, más tarde, la exclusividad del “Camino Francés”, pasando el Camino de la Montaña a ser un “camino olvidado”. En esta nueva situación la Ruta Vadiniense se convirtió en una ruta transversal: se prologó por el norte desde Potes a Santander contactando así con el Camino del Norte, y por el sur siguió, Esla abajo, por Modino, Gradefes, San Miguel de Escalada… hasta alcanzar la ruta calixtina en Mansilla de las Mulas. En la recuperación de todo este patrimonio histórico-cultural ha tenido y sigue teniendo una importancia capital la Asociación de Amigos del Camino de Santiago (Ruta vadiniense-Picos de Europa). Actualmente también está en proceso de recuperación el Camino de la Montaña sobre todo gracias al esfuerzo de la Asociación de Amigos del Camino de Santiago de Vizcaya, que está poniendo ilusión y empeño en esta empresa.