Este pueblo, con término municipal propio en el que quedaba incluido la localidad proxima de Barrio de San Vicente, perteneció a la provincia de Burgos, hasta los años setenta en que fue pasado a la de Palencia y anexionado con todo su término municipal al Ayuntamiento de Alar del Rey. De hecho parte del casco urbano de Alar del Rey pertenecia anteriormente a la anexión a San Quirce,como la Estación de ff.cc. (Alar del Rey-San Quirce), tal vez también los muelles-embarcaderos del Canal de Castilla. Eclesiasticamente sigue perteneciendo a Burgos.
Profundizando más en la historia de San Quirce, y según nos cuenta en uno de sus libros el gran profesor palentino y amante de estas tierras, F.R.Gordaliza Aparicio, se sabe que es nombrado por primera vez en 1181 (Alfonso VIII): "in sancto Quirico". Quirce es una forma derivada de Quirico y procede del latín "sancti Chirici" y éste del griego "kirios", señor, por lo que se refiere a este santo.Otra forma del nombre es Ciriaco.
Muchas poblaciones se sitúan en terrazas fluviales o sus cercanías. La región ya estaba ocupada en el Pleistoceno Medio, como lo demuestran las excavaciones realizadas en "Los Llanos". Allí se han encontrado diversos materiales: lascas, restos de tallas; algunos cantos tallados y productos desbastados. Todo hace suponer que en el citado cerro hubo un castro celtibérico que fue punto de confluencia de los pueblos cántabro, vacceo y turmogo.
El poblacimiento se inició al amparo del monasterio de San Quirico y Santa Julita, posiblemente en el mismo lugar en que hoy se sitúa. En 1181 fue donado por Alfonso VIII a Santa María la Real de Aguilar de Campóo. Este priorato dependió después de la abadía de Santa María de Sotovellanos. Aún se conservan restos de la casa y tapias de la huerta, así como la entrada románica al actual templo de San Miguel.
Año 1352. El Becerro de las Behetrías dice que "dos partes del lugar son del obispo de Pelencia, dos del obispo de Burgos y otras dos del abad de Aguilar, a quienes tributan en especia cada año.
Año 1826. Miñano dice que es lugar solariego, provincia y arzobispado de Burgos, partido de Villadiego, cuadrilla de amaya. Alcalde pedáneo y 73 vecinos.
Año 1713. Se habían iniciado las obras del Real Canal de Castilla adentrándose en San Quirce y San Vicente, donde se construye la primera de las esclusas.
Siglo XVIII. La Sociedad Econónica de Amigos del País se establece en Herrera de Pisuerga (1786-88). La fundan D. Juan de Homar, ingeniero del Canal, con otros de Herrera, los clérigos de Ventosa y D.Diego García de la Maza, cura de San Quirce. D.Diego natural de San Quirce, falleció en 1803. Era pariente de los sacerdotes de Herrera D.José y D.Antonio de la Maza y Velasco, también de San Quirce. D.Diego edificó una escuela junto a la iglesia, donde, además de las clases para niños, se promocionaban tareas artesanales y se enseñaban cultivos. Hoy ya ha sido derruida.
Ferrocarril de Isabel II. Cerca de San Quirce se habían iniciado en 1855 las obras del primer tramo del ferrocarril hasta Reinosa. La primera estación estab en el casco urbano de la villa de Alar, al lado de las casas molineras que aún se conservan.
En 1860 se unirá la villa de Alar con Venta de Baños y la antigua estación se denominará ahora Alar del Rey-San Quirce.
Como ya se ha dicho anteriormente, desde el 2 de abril de 1973 San Quirce con todo su término municipal deja de pertenecer a la provincia de Burgos pasando a la de Palencia dentro del ayuntamiento de Alar del Rey.
